Knoblauch und Zwiebeln schälen. Die Paprikaschoten waschen, vierteln, Kerne und Strünke entfernen. Die Tomaten waschen. Das Gemüse grob in Würfel schneiden. Das Sonnenblumenöl in einem Topf erhitzen. Den Knoblauch, die Zwiebeln und die Paprika darin bei mittlerer bis starker Hitze ca. 5 Minuten anrösten. Tomaten hinzufügen und weitere 2 Minuten mitbraten, dann Tomatenmark und Paprikapulver unterrühren. Die passierten Tomaten und 2 Thymianzweige dazugeben und die Paprikasauce bei niedriger Hitze ca. 15 Minuten köcheln lassen. Mit Salz und Pfeffer würzen. Die Thymianzweige wieder herausnehmen.

Inzwischen die Nudeln nach Packungsanleitung in Salzwasser bissfest kochen. Taleggio grob würfeln. Die Blätter vom Thymian und vom Basilikum abzupfen. Den Backofen auf 180 Grad (Umluft 160) vorheizen.

Die gegarten Nudeln mit der Paprikasauce vermengen und in eine Auflaufform geben. Die Taleggiowürfel darauf verteilen. Muschelnudeln im Ofen 20–30 Minuten backen. Herausnehmen und Nudeln mit dem Olivenöl beträufeln. Mit Thymian- und Basilikumblättern bestreut servieren.